Aunque tanto los MOC como los MOF contienen enlaces de coordinación organometálicos-, existen diferencias fundamentales:
Dimensionalidad: los MOC son moléculas discretas de dimensión 0, mientras que los MOF son redes 2D o 3D infinitamente extendidas.
Solubilidad: la mayoría de los MOC son solubles, mientras que los MOF son generalmente insolubles.
Estabilidad: los MOF generalmente tienen una mayor estabilidad térmica.
Enfoque de la aplicación: los MOC destacan en el reconocimiento molecular, mientras que los MOF son más adecuados para el almacenamiento de gas.